Luptătorii pentru libertate Neo, Trinity și Morpheus continuă să conducă revolta umană împotriva Armatei Mașinilor. Pentru a distruge sistemul de represiune și exploatare, ei sunt nevoiți să recurgă nu numai la un arsenal de arme superioare, ci și la abilitățile lor remarcabile.
Participarea la misiunea de a salva rasa umană de la exterminarea sa completă le aduce o înțelegere mai profundă a designului Matrixului și o conștientizare a rolului central al lui Neo în soarta umanității.

După ce mașinile au preluat oamenii, i-au pus în capsule. Unde le-a fost creată o lume iluzorie, în care oamenii se simt liberi și egali. Dar nu toți oamenii se găsesc în această situație. Câteva grupuri au reușit încă să supraviețuiască războiului și s-au stabilit în orașul Sion. Acest oraș a devenit ultimul loc în care oamenii să trăiască în lumea reală. Oricât de greu încearcă mașinile să-l găsească, eșuează. Pentru a lupta cu mașinile, oamenii intră periodic în lumea iluzorie a „Matricei”, unde se luptă cu mașinile. Nu cu mult timp în urmă, oamenii supraviețuitori au început să aibă speranță. Lor li s-a alăturat Neo, un bărbat smuls din Matrix.
Neo este alesul, el este practic singura persoană care nu numai că poate intra liber și nestingherit în „Matrice”, ci și luptă cu gardienii acesteia, care sunt creați pentru a se asigura că oamenii nu află despre înrobirea lor.
Oamenii învață că se pregătește un atac asupra lui Zeon. Toate grupurile de oameni care întrerup Matrix trebuie să se întoarcă în oraș. Dar Neo vrea să găsească Pythia la timp pentru a afla restul profeției care ar trebui să salveze omenirea.